З точки зору застосування, магнітні кульки можна використовувати для інтелектуального розвитку дітей, допомагаючи їм зрозуміти геометричні форми та просторові структури; їх також можуть використовувати дорослі для зняття стресу, дозволяючи розслабитися, граючи з магнітними кульками; крім того, магнітні кульки використовуються в наукових експериментах для демонстрації основних принципів магнітних полів і сил.
Використовуючи магнітні кульки, слід звернути увагу на наступне: по-перше, оскільки магнітні кульки мають сильний магнетизм, не розташовуйте їх поблизу електронних пристроїв, щоб запобігти перешкоджанню їх нормальній роботі; по-друге, магнітні кульки не підходять для маленьких дітей, тому що випадкове проковтування може викликати серйозні проблеми зі здоров’ям; нарешті, уникайте тривалого впливу високих температур на магнітні кульки, оскільки це може вплинути на їх магнетизм.